È posizionato su una delle colline Metallifere, lontano da importanti vie di comunicazione, il territorio risulta interessato da un processo di antropizzazione precoce iniziata nell'Alto medioevo. L'origine di questo paese va collocato durante la dominazione longobarda in Toscana: i Longobardi penetrarono in Italia, fra il 568 ed il 569, riuscendo in poco tempo a strappare all' Impero romano d'Oriente tutte le province a nord del Po; a partire dal 572 essi occuparono i territori occidentali della Toscana compresi tra i fiumi Cecina ed Ombrone, più o meno la zona delle Colline Metallifere. I Longobardi diedero una nuova definizione amministrativa, costiturono un' unità militari detta Arimannie e fondarono delle fortificazioni chiamate clusae o clausurae, per il controllo dei passi e la riscossione dei dazi. A testimonianza della sua origine longobarda, rimangono a Chiusdino il suo stesso nome, in latino Cluslinum, che deriva da clusa, ed il titolo della chiesa matrice: san Michele Arcangelo, frequente negli insediamenti longobardi. Con la conquista del Regnum Langobardorum compiuta da Carlo Magno nel 773 ed il nuovo assetto da lui conferito alla Toscana con la creazione dei comitati e dei conti, il castello di Chiusdino, situato all'interno dell'ampia diocesi di Volterra, venne a trovarsi nel comitatus istituito in quella città.